En el tratamiento de agua residual existen tres etapas diferentes con sus respectivos procesos a llevar a cabo cada una, con el fin de lograr que sea reutilizable dicho flujo.
En la tercer etapa, que se ha denominado terciaria, esta uno de los procesos mas importantes dentro de todo el tratamiento general del agua que es la parte de desinfección. El proceso de desinfección es el que se lleva a cabo con el fin de retirar, en su mayoría, los organismos vivos que son parte constitutiva del agua residual, que le quita pureza; y de esta manera devolverle cualidades para que pueda ser reintegrada al ambiente.
Que el proceso de desinfección sea efectivo depende de muchas variables, en una primera instancia de la calidad del agua que se va someter al tratamiento, como lo son el pH, la turbiedad entre otros.
También dependerá del tipo y dosis de desinfectante que se utilice, ya que la concentración y el tiempo en el cual hará efecto es determinante para lograr un excelente resultado en la desinfección del agua residual. Si bien es importante conocer los productos y la calidad de los mismos con los que se va trabajar en dicho proceso, es imprescindible tener en cuenta que diversos factores ambientales pueden dificultar este trabajo.
Dichos factores que actuan individualmente, funcionan en contra del tratamiento de desinfección que se desea llevar a cabo, pero además si estos se presentan todos juntos y se combinan el tratamiento del agua residual se vuelve casi imposible.
Es por lo mismo que si se presenta en flujos altos, un tiempo escaso de contacto con desinfectantes y un agua sumamente turbia, las posibilidades de que pueda llegar a ser reutilizables disminuyen significativamente.
Dentro de lo que se denomina desinfección, también se debe tener en cuenta los tratamientos disponibles para realizarla. Estos son el ozono, la clorina o la que suele llamarse Luz Ultravioleta. La clorina no se utiliza en el agua residual por la persistencia que presenta, sino que es mas comúnmente usada en el agua potable. El tratamiento de desinfección basado en el cloro, es el mas utilizado en Norteamérica, gracias a que tiene costos reducidos y la eficacia que provee se mantiene a largo plazo. Pero hay que tener en cuenta y utilizar el mismo con cautela, ya que este elemento aplicado a materiales orgánicos residuales, puede crear compuestos del tipo orgánicos clorados, que son dañinos para el desarrollo del medioambiente.